一种纳米硅复合导热材料的制备方法，以甲基含氢聚硅氧烷为基体，通过在其中添加填料来增加材料的导热性能；所述的填料包括：粒径20～200nm的纳米硅粉和不同粒径质量配比的金属氧化物与非金属陶瓷粉末。制备方法：将硅粉置于冷却釜中，通入以Ar气稀释的SiH4气体混合气，高温分解SiH4、沉积、过滤收集制得纳米硅粉。以甲基含氢聚硅氧烷为基体，纳米硅粉和金属氧化物及陶瓷粉末为导热填料，通过分散、混和、加热固化制得纳米硅复合导热材料。本发明制备的纳米硅复合导热材料具有高弹、高导热、柔性好、耐高温、使用寿命长、抗热疲劳性好等特性，在新型发电机、微电子、航空航天等领域具有广阔的应用前景。