本发明公开了一种全载玻片成像扫描仪的自动聚焦方法，具体为获取当前聚焦点的成像图片并提取聚焦特征；对聚焦特征和隐藏特征进行融合生成聚集特征和新的隐藏特征；预测聚焦镜头的离焦距；对离焦距进行判断和反复调整得到最终的聚焦点；对最终的聚焦点所成像的图片清晰度和距离最终聚焦点最近的若干个聚焦点所成像的图片的清晰度，并采用清晰度最大的图片所对应的聚焦点作为最终的最优聚焦点。本发明还公开了包括所述全载玻片成像扫描仪的自动聚焦方法的图像获取方法。本发明方法的准确性高，而且聚焦速度快，效率较高。