本发明公开了一种低频RC振荡器的时钟频率校准系统，包括低频RC振荡器、校准控制模块、晶振控制模块和校准模块；低频RC振荡器为待校准的低频时钟源，用于为校准模块提供低频RC标准时钟；校准控制模块用于接收外部输入的校准使能信号，根据校准使能信号使能晶振控制模块和校准模块；晶振控制模块用于将外部高频晶振转换为高频标准晶振时钟，并将高频标准晶振时钟送至校准模块；校准模块利用高频标准晶振时钟对低频RC标准时钟进行校准，得到校准频率值；本发明还公开了一种低频RC振荡器的时钟频率校准方法。与传统技术相比，本发明能够实时快速地校准时钟频率，为SOC提供实时低功耗的时钟校准输出。