本发明公开一种FIR滤波器优化方法及系统。所述方法首先获取随机产生的水稻种群和FIR滤波器；然后将水稻个体作为所述FIR滤波器的单位冲击响应序列，获取每个水稻个体的适应度值；根据适应度值将多个水稻个体分为保持系、不育系和恢复系；然后获取保持系个体和不育系个体杂交过程中产生的杂交最优个体；获取恢复系个体自交过程中产生的自交最优个体；获取杂交最优个体和自交最优个体中适应度值最优的个体；最后将适应度值最优的个体作为所述FIR滤波器的最优单位冲击响应序列。本发明所述的FIR滤波器优化方法及系统通过采用杂交水稻算法来优化FIR滤波器系数，解决了现有的FIR滤波器优化方法寻优能力差、易陷入局部最优解、参数依赖性大的缺陷。