本发明公开了一种基因测序质量行数据压缩预处理、解压还原方法及系统，本发明基因测序质量行数据压缩预处理、解压还原的基本原理是从输入的质量行文件或数据块中取出若干列作为索引列，然后对所有的质量行数据重新排列，所有索引列相同的质量行为一组，并按它们在原数据块中的相对位置排列在一起。由于索引列相同的质量行数据往往更为相似，这种数据重组的方式能够将相似的基因测序数据排列在一起，从而提高了数据的局部相似性。本发明不引入额外的存储开销，仅仅通过很小的计算开销实现大的数据窗口内的数据重排列，从而提高压缩效率，本发明适合对基因测序过程中的质量行数据进行压缩预处理，而且数据块越大，优势越明显。