本发明公开了一种基于有色Petri网的系统综合评估方法，针对复杂系统进行四性评估时四性之间仍存在“两张皮”现象，首先定义了一种新的综合评估体系，建立了该体系的四性一体化综合评估模型，其次，利用有色Petri网的强大描述能力，将复杂系统的四性状态分为三类：可用性（可靠性、维修性）、测试性和安全性，同时给这三类状态进行染色，将Petri网中代表可用性的托肯定义为黄色；代表安全性的托肯定义为蓝色；代表测试性的托肯定义为紫色，最终，利用建立的四性一体化综合评估模型和四性有色Petri网完成复杂系统的综合评估工作，同时本发明是设计和评估的循环过程。本发明提出的基于有色Petri网的系统综合评估方法有效解决目前四性的“割裂”问题。