本发明公开了基于联合降噪和经验模态分解的控制系统健康状态分析方法。通过引入改进阈值与阈值函数的小波阈值联合降噪的方法，实现对控制系统状态信号包含的脉冲噪声和高斯随机噪声的有效抑制；针对降噪后的信号，提出端点延拓、集合经验模态分解(EEMD)和相关系数阈值比较相结合的方法，有效克服了端点效应和模态混叠问题。本发明方法对控制系统常见状态信号进行分阶段处理，通过对计算得到的能量熵值进行分析，最终得到有效的状态特征信息，并与正常状态时的能量熵进行比较，快速实时判断出系统的健康状态，为系统的故障诊断、视情维修、容错控制等提供准确的判断依据。本发明用于高精度控制系统含噪状态信号的特征提取及健康状态实时检测。