本发明公开了一种输入电压不平衡时矩阵变换器的运行控制方法，属于矩阵变换器领域。该方法采用滤波器，分别提取出输入电压分量的幅值、输入电压分量的幅值和与之间的相角差的正弦值，并基于这些信号计算出输入电流的给定值，进而实现矩阵变换器的调制方法。相对于已有方法，在输入电压不平衡时，该方法在保证输出性能不受影响的前提下还能够获得纯净的正弦输入电流，显著提高了输入电流的波形质量。