一种基于共轭梯度法的电离层层析成像混合反演方法。该发明基于考虑散射效应的绝对和相对总电子含量计算，采用乘法代数重构法和共轭梯度法结合的混合反演方法，基于电离层层析成像技术对电子密度空间分布进行高精度反演。首先，采用三频信标数据，考虑电离层散射效应，在绝对和相对总电子密度反演中均加入散射效应时延项，通过三频差分获得电离层总电子含量；其次，选定电离层待反演区，结合空间几何计算，得到层析成像的投影矩阵；最后，采用乘法代数重构算法和共轭梯度法相结合的混合反演方法得到电离层电子密度分布。本发明具有精度高，可靠性好等优点，可用于针对电离层电子密度的大气空间监测与地震灾害预测等。