一种针对飞轮低速摩擦的挠性航天器姿态控制系统与方法，系统包括以下六个模块：带执行机构特性的挠性航天器动力学实时仿真模块、挠性航天器运动学实时仿真模块、姿态测量模块、姿态确定模块、姿态控制模块及执行机构模块；带执行机构特性的挠性航天器动力学实时仿真模块包含航天器本体、飞轮及挠性附件动力学；挠性航天器运动学实时仿真模块可以根据任务需求选取不同类型姿态描述方式；姿态测量模块可以根据任务需求选择不同真实敏感器及敏感器模拟器；姿态控制模块包括常规的PID、鲁棒控制方法以及一种针对飞轮低速摩擦的挠性航天器姿态控制方法，可以根据系统任务需求进行切换；执行机构模块包括真实的飞轮和推力器模拟器。