本公开提出了一种基于边沿控制的降低脉冲信号抖动方法及系统,方法包括：采用固定的采样率，根据脉冲的频率控制字，通过累加的方式实时生成数字脉冲信号的相位信息序列；根据相位信息序列与脉冲的占空比控制字生成数字脉冲序列；对数字脉冲序列的边沿进行调节；将边沿调节后的数字脉冲序列进行数字平均运算，获得新的数字脉冲序列，将新的数字脉冲序列进行数模转换输出脉冲信号。通过实时边沿数值控制和实时数字平均方法，针对FPGA与DAC能力范围内的任何频率、任何占空比的脉冲信号，无需提升或改变采样率，可以实现对任何采样率下连续输出脉冲信号的降抖动，控制灵活，能有效解决FPGA产生脉冲信号固有的抖动过大的问题。