本发明公开了一种基于运动捕捉系统的旋转MEMS惯导磁航向角误差补偿方法，属于旋转惯导系统的磁航向角误差补偿方法。本方法包括如下步骤：1、对磁传感器进行标定；2、获得运动捕捉系统的参考坐标系相对于导航坐标系的转移矩阵；3、采集多个位置上，系统输出的转动机构位置信息、对应位置上磁传感器输出值、运动捕捉系统获取到的标记点位置坐标信息；4、计算得到各个位置上由于转动机构造成的磁场强度；5、实际使用中，从原始磁传感器输出值中扣除转动机构造成的磁场强度，计算磁航向。本方法可以标定出转动机构的磁干扰对磁传感器输出的影响，对磁航向角误差进行补偿，为旋转MEMS惯导系统提供磁航向，抑制航向的误差发散。