本发明公开了一种基于时分复用的多用户量子时间同步方法及系统，包括：时间频率源输出参考频率信号和参考时间信号；光纤频率传递发射机接收参考频率信号，并传递到n个用户端，n为大于等于2的正整数；通过发射端的量子双向比对自动切换模块接收参考时间信号，并传递到n个用户端，通过量子双向时间比对的方式得到用户端i与时间频率源的钟差t0i；用户端i的运算控制单元i根据钟差t0i调整可编程延迟器i的调整量为t0i；用户端i得到的频率信号i输入分频器i获得一个时间信号i；将时间信号i输入可编程延迟器i进行延迟处理，获得用户端i的输出时间信号i。本发明能够实现多用户的量子时间同步，可确保时间同步的高精度和高可靠性。