本发明公开了一种基于FIDO认证的邮件安全登录方法及系统，所述方法包括：根据邮件客户端发起的登录请求，识别邮件客户端，并验证其对应的SM2证书是否合法；当通过SM2证书验证时，通过FIDO服务器通过FIDOUAF协议对邮件客户端的用户身份进行鉴别；若鉴别通过，则接受登录请求，邮件客户端进入登录状态；若在所述邮件客户端中操作功能区内的敏感功能，则调用ASM认证器进行生物特征录入进而通过FIDO服务器对其进行身份验证；若身份验证通过，则允许操作敏感功能；所述方法及系统通过FIDO技术、国密算法以及PKI技术，对用户登录邮件系统和操作邮件进行安全保障；采用FIDO方式进行系统登录、邮件收阅、邮件管理等过程的安全管理与控制，保障了系统的访问安全。