本发明属于气体控制技术领域，并具体公开了一种用于反应气氛切换的自动控制气路系统及其应用。该自动控制气路系统包括气路连接装置、流量控制装置和自动控制装置，其中：气路连接装置包括预设数量的气路管线和电磁阀，气路管线用于为气体输送提供通道，电磁阀用于控制各个气路管线的开闭，从而实现反应气氛的切换；流量控制装置包括预设数量的质量流量计，分别用于控制各个气路管线中的气体流量，进而控制气体的浓度；自动控制装置用于控制电磁阀的开闭，从而实现反应气氛切换的自动控制。本发明能够对各个气路管线的开闭进行自动控制，阀门开闭的时间精确可调，并且具有可靠性高、操作简单的优势，能够最大程度减少人为因素对实验过程的影响。