本发明涉及一种实验动物房水瓶自动化灌水设备及其控制方法，属于无特定病原体动物房饲养设备技术领域。本发明设计了一个自动化的灌水设备来实现对实验动物房水瓶自动消毒、自动烘干和自动灌水，同时设计了控制方法来控制灌水设备的工作方式。本发明有如下益处：能实现多个水瓶同时灌装，同时采用定量注水装置，能精确的控制水瓶的注水量；能对水瓶及瓶塞进行高温蒸汽消毒，在消毒后又能对水瓶进行及时的烘干，实现水瓶消毒灌水的一体化；设有剩余液体和废水的收集及处理装置，废水经过过滤后，能被用来清洁实验动物房，有效地节约了水资源，同时，灌水装置可以方便移动，满足SPF实验动物房日常换水需要，降低大量水瓶搬运的时间及人力成本。