本发明公开了一种船机尾气SCR净化系统。包括SCR催化器、尿素喷射系统、控制系统；SCR催化器由混合器和催化器构成，混合器设置于催化器前端用于将发动机尾气与喷射尿素混合，尿素喷射系统由尿素溶液供给系统、尿素溶液喷嘴系统构成，尿素溶液喷嘴系统由多个喷嘴组成，控制系统基于OPEN‑ECU快速控制原型完成信息获取和对尿素喷射系统的喷射控制。本发明采用单个尿素泵结合压力共轨机构实现单路/多路尾管上安装多个喷嘴方案；能够解决现阶段单个喷嘴喷射大量尿素溶液时带来的不匹配问题，以及高压稳定性控制问题，喷嘴孔径大导致喷射尿素液柱雾化效果不佳等问题，避免在排气管壁的结晶现象，采用多个喷嘴能够实现尿素溶液更好的雾化和混合。