本发明公开了一种变频螺杆压缩机控制器自动识别系统，包括控制器和变频器，控制器操作监控测量变频螺杆压缩机工艺参数与运行/停机状态及故障诊断等，变频器执行控制器指令驱动电机及反馈电气信息给控制器；变频螺杆压缩机运行时，控制器发送特征码到变频器，变频器接受到特征码后开启自动识别系统，控制器与变频器相互产生随机数并交叉，根据随机数及特征码，控制器与变频器分别计算并相互验证，验证完成则控制器与变频器为自动识别完成，达到最佳匹配；实现控制器与变频器自动识别，将控制器的高性能，好工艺，全保护等与变频器的高精度，快响应等完美结合，发挥最大功效。