本发明公开了一种内置重力热管自然冷多联制冷系统及控制方法，所述系统包括：若干个集中热管冷源模块以及与集中热管冷源模块热耦合连接的若干个动力环路模块，其中，集中热管冷源模块，包括：依次连接成环路的冷凝器、第一储液罐以及换热器，且第一储液罐的设置位置高于换热器的位置；所述动力环路模块，包括：依次连接成环路的第二储液罐、热管动力泵以及热管蒸发器；若干个动力环路模块的入口与液管支路连接；所述若干个动力环路模块的出口与气管支路连接；所述液管支路与气管支路连通；且液管支路与气管支路之间的管路与若干个集中热管冷源模块的换热器热耦合连接。应用本发明实施例，可以降低冷却系统的能耗。