本发明属于工程机械及特种车辆独立散热系统的控制系统开发技术领域，具体涉及一种独立散热系统风扇目标转速估算方法。本发明通过对采集的各子系统温度信号进行分析和权重处理，将风扇目标转速进行分模式处理，在不同温度状态下，风扇目标转速进行不同方法的解算，进而实现风扇转速的有效控制，为独立散热系统的控制系统设计奠定基础。本发明通过实车试验，可以很好的将各子系统的温度控制在车辆实际需求范围内，系统工作稳定。