本发明公开了紧凑型百kW‑MW级SOFC冷热电系统及其运行方法，包括SOFC发电系统、冷暖能量提供系统、生活热水系统和去离子水系统，SOFC发电系统为冷暖能量提供系统和生活热水系统提供热量，去离子水系统为冷暖离子水系统和生活热水系统提供去离子水，SOFC发电系统、冷暖能量提供系统、生活热水系统和去离子水系统经管道顺次连接。其运行方法包括S1，SOFC预热阶段；S2，SOFC稳定运行阶段；以及当SOFC停机小于48小时，还包括，S3，SOFC保温阶段。本发明提高系统设备的紧凑性和系统效率到90％，其提供的运行方法可以有效匹配用户负荷特性，提升系统运行效率5％以上。