本发明涉及一种压缩机冷却水路自洁系统，包括冷却器，冷却器上设有冷却器进水口与冷却器出水口，正常工作状态下，通过控制阀的开关控制，介质自外部入水口进入并经第一管口进入冷却器进水口，在冷却器循环后，自冷却器出水口进入第二管口，并从外部出水口出，反冲洗状态下，通过控制阀的开关控制，介质自外部入水口进入并经第二管口进入冷却器出水口，在冷却器逆循环后，自冷却器进水口进入第一管口，并从外部出水口出。本发明采用水路换向机构实现对冷却器进行反冲洗，避免长期使用带来的积垢现象，而且不需要任何拆装工作，不耗时且无机械通管可能带来的物理性伤害。