本发明涉及发动机领域，尤其涉及一种控制DPF再生的方法、系统和发动机。本发明所述的控制DPF再生的方法包括：根据发动机的总运行时间和低负荷运行时间实时计算修正因子；根据上次DPF再生时间、油耗量和行驶里程确定已经过时间、已耗油量和已行里程；根据修正因子、已经过时间、已耗油量和已行里程确定运行修正时间、油耗修正量和行驶修正里程；判断运行修正时间、油耗修正量和行驶修正里程是否超过对应阈值，若有一个超过，则触发DPF再生。通过实时计算修正因子，再根据修正因子、已经过时间、已耗油量和已行里程确定运行修正时间、油耗修正量和行驶修正里程，判断其中是否有一个超过阈值，触发DPF再生，能够根据实际工况控制DPF再生，防止DPF被烧毁。