本实用新型涉及水上加注技术领域，特别是一种LNG燃料水上加注控制系统。包括加注控制器、集控室电气控制柜、现场设备分控箱、信号采集接线箱、电磁阀控制箱和现场信号变送器接线盒，所述现场信号变送器接线盒的信号输出端与信号采集接线箱连接，所述信号采集接线箱的信号输出端与加注控制器连接，所述加注控制器的控制信号输出端与集控室电气控制柜连接，所述集控室电气控制柜的控制信号输出端与电磁阀控制箱和现场设备分控箱连接。现场设备分控箱内的各个控制单元相互独立，现场设备分控箱可根据LNG加注装置的不同控制要求灵活设置，从而能够适应更多规格的船只。