一种船舶沉淀舱结构及其工作方法，舱室内的舱底上方设有带冲砂孔的吹砂管和带抽砂口的抽砂管，冲砂管由空气发生器周期性地提供压缩空气并从冲砂孔喷出，对舱底周边的沉降物产生冲击和扰动并形成空泡，使沉积物颗粒在短时间内反复沉降处于浮动状态；同时，抽砂装置通过抽砂管将舱底处于扰动状态的海水和沉积物抽出舱外，并最终排出船舶之外，由此，使得海水中带来的沉积物无法在沉淀舱内淤积，并极为快速有效地将富含沉积物的舱内海水排出，从而避免了船舶管路堵塞的发生，保证了船舶的正常工作；同时，该船舶沉淀舱的结构简单，工作过程快速、稳定，既极大地提高了工作效率，又可以降低设备生产和维护成本。