本发明提出一种基于STM32F429的双电机驱动无人船控制系统，包括控制模块、数据传输模块、舵机、电调、舵角传感器、光电编码器、GPS模块和无人船地面站；所述舵角传感器对无人船船舵的姿态及动作进行检测；所述光电编码器对动力电机的转速和转向进行检测；所述无人船地面站贮有无人船航线及巡航速度值；当无人船航行时；无人船按无人船地面站遥控指令进行工作，所述舵机对无人船船舵进行控制；所述控制模块经数据传输模块与无人船地面站相连并回送无人船当前工作数据；所述无人船地面站根据无人船当前工作数据，通过遥控无人船控制模块对无人船的动力电机和船舵进行调整，以使无人船按预设航线航行；本发明能实现复杂水文环境下的船舶无人驾驶。