本发明公开了一种船闸、升船机专用水下拖曳船泵水推进系统及方法，所述系统包括设置于船舶底部的水泵推进器和方位转向器，所述方位转向器与船舶底部固定连接，还包括储氢燃料堆，所述储氢燃料堆通过动力电缆与水泵推进器电连接，并通过控制电缆与方位转向器电连接。本发明可以有效降低大型货船或客船在进闸(或升船机)和出闸(或升船机)过程中燃烧柴油所引起的噪音污染和环境污染问题，真正实现零污染排放，同时可以有效节约能源。