本发明公开了一种基于无人机的河口湿地底泥样品智能采集装置。涉及机器人、无人机与环境监测领域，特别涉及一种基于无人机的河口湿地底泥样品智能采集装置。所述系统包括地面控制站、无人机、采泥机器人。其特征在于：所述地面控制站用于航线规划，无人机状态监测；所述无人机用于携带采泥机器人至采集地点；所述采泥机器人用于底泥采集，其内部包括控制模块、传感器模块、驱动模块和采泥模块；控制模块为单片机，与传感器模块、驱动模块和采泥模块相连接；单片机接收传感器信号，发出驱动与采集信号，控制采泥机器人的整个底泥采集过程；采泥机器人采用航迹推算法，按Z字轨迹行走，逐步采集多个样本；采泥机器人上的电机驱动类似钻头的螺旋叶片钻入底泥，底泥通过螺旋叶片的空隙进入收集仓；采集结束后，无人机将采泥机器人带回。该装置解决了传统底泥样品人工采集方式中存在的不安全、不易到达采样点等问题，提高了底泥样品采集的灵活性和自动化程度。