本实用新型涉及鱼鳃式蓝藻收获船，包括船体；蓝藻采集装置，包括支架、形成采集单元的潜水泵组件和拦截网，该采集单元能够沿着船体的高度方向上下调节设置；鱼鳃式过滤装置，包括框架、多个过滤筛单元、调节单元、喷淋单元，其中每个过滤筛单元包括筛框、筛网、蓝藻收集槽和排液槽；存储装置，该鱼鳃式过滤装置有多个，且均向船体的中部倾斜并靠拢设置；蓝藻收集槽与多个筛网的筛面相连通且形成整体槽，排液槽有多个且与每个筛面的背面连通将滤液排出船外。本实用新型一方面能够控制采收的区间，防止堵塞；另一方面通过小槽排水，整体槽对蓝藻进行收集的方式，减轻收获人员的工作量，同时合理布局，不仅便于设备的维护，而且防止船的重心偏移。