本发明涉及一种智能电动自行车充电系统，包括：充电桩，内部设有控制模块、通信模块、充电模块和供电单元，控制模块分别与通信模块和充电模块连接，供电单元为充电模块供电，充电模块用于向电动自行车充电；网络服务平台，与通信模块远程连接，通过通信模块接收充电桩的充电信息；移动终端，与网络服务平台远程连接，内置有充电APP。与现有技术相比，本发明取消了传统的显示屏模式，所有的操作及显示均在移动终端上完成，节约制作成本。用户可在线查看充电桩的位置信息、电动自行车剩余电荷量、实时电价信息，对充电时间、储物柜开启、取车等发布命令。供电单元由多源微电网组成，智能切换供电，提高了资源的利用效率，用电更加清洁。