本发明提供一种多功能热防护材料及其制备方法，包括：基底；乳突结构，所述乳突结构分布在基底上，所述乳突结构由周期排列的微纳米尺寸的乳突单元组成，所述乳突单元包含多个相同的乳突，所述多个相同的乳突呈正多边形规则排列，且所述乳突单元中，相邻乳突之间距离相等；其中，对于任意一乳突，所述乳突的外形为光滑过渡，所述乳突包含吸波层和热防护层，其中，所述热防护层设置在所述吸波层外侧，所述吸波层包含若干层子吸波层。本发明有效地将纳米疏水结构、纳米隐身结构以及热防护涂层有机的结合到一起，利用功能性纳米颗粒排列成周期性有序结构，使其兼具防热、隐身及疏水等多重功能，适用于航空航天飞行器、海洋船舶、潜艇等表面的防护。