一种磁悬浮反作用飞轮电机控制系统，主要由Ｃｕｋ升降压变换器、永磁无刷直流电动机、三相星型半桥、数字控制器、能耗单元等部件组成。系统通过位置检测装置将检测到的位置信号送入数字控制器，经数字控制器计算转换成ＰＷＭ信号输出以控制Ｃｕｋ升降压变换器的变压比、能耗单元和永磁无刷直流电动机换相及调速。本发明能够在不改变输入电压的情况下根据转速变化实时地对稳恒直流电源电压进行升降压变换以驱动永磁无刷直流电动机，通过三相星型半桥控制永磁无刷直流电动机换相，通过增大永磁无刷直流电动机输出力矩系数扩展磁悬浮反作用飞轮最大加速力矩，改善了系统动态性能，同时不增加总体功耗，对电能有限的航天器具有重要的应用价值。