本发明提供一种用于有源减振系统传感器与作动器数量位置同时优化方法，具体过程为：步骤1，目标函数设计；步骤2，振动测量与系统辨识；步骤3，遗传算法迭代优化：基于目标函数构建适应度函数，从振动系统中选取n个传感器和q个作动器进行遗传算法迭代，根据所述频域传递函数，计算当前次迭代对应的适应度函数，若当前次与上次迭代的适应度函数满足设定要求，则将此次迭代所选的传感器和作动器的数量和位置作为最优。该方法通过在频域内对舰船有源减振系统中传感器作动器数量与位置同时进行优化设计，在尽可能保持原系统控制效果的情况下，大幅降低控制系统规模。