本发明公开的属于船舶废水处理技术领域，具体为一种用于船舶尾气脱硫装置的全自动废水处理装置，进气风机通过进风管将外部的空气和微生物输入曝气罐体内，使得曝气罐体进入的废水能够受到微生物和空气的接触进行废水初步处理，通过分散气管的设置，能够使得空气分散到曝气罐体内，使得废水曝气处理效果较佳；通过加药瓶体、出药管、流量控制阀门之间的配合作用，能够使得药剂在重力的作用下自行下落并进入曝气罐体内，对废水进行施药作用，使得废水进行化学反应，降低人工施药的工作量，通过流量控制阀门的设置，能够根据使用情况进行调控输出的流量，保证效率且能够节省原料；通过扰流机构的设置，使得药剂与废水直接的混合作用较好。