本发明公开了一种船舶脱硫废水处理装置及方法，属于船舶脱硫废水处理技术领域。一种船舶脱硫废水处理装置，包括：用于输送废水的送料机构，还包括：与送料机构连接接通的且竖直布置的一级过滤机构、设置于一级过滤机构底部的二级过滤机构、设置于二级过滤机构一端的三级过滤机构、与三级过滤机构背离二级过滤机构一端连接的收集机构，所述的送料机构包括竖直设置的用于存放废水的废水箱，废水箱顶部设置有竖直向上延伸的抽水管，抽水管底端延伸至废水箱内腔底部，抽水管顶端连接有水泵，本发明通过多重过滤提高了净化效率，且本发明在废水较少的情况下依然可以进行过滤，操作方便，通过分离过滤，可避免二次污染。