本发明涉及通信技术领域，提出一种无源光网络的通信控制系统与方法，本发明在局端侧与光分配网络、光分配网络与用户侧之间分别加入信号同步处理装置、信号同步补偿装置，用获取、对比、更改时钟的方式使得T1=T2=T3，保持局端侧、光分配网络以及用户侧的时钟同步。本发明在树形拓扑的无源光网络中，使用上一节点的时间与下一节点的时间进行对比的方式，依次对上行传输方式或下行传输方式中多层节点的时间进行依次更改，并对节点都进行编号，最终使得所有节点的时钟都保持同步，避免在不同层节点之间传输时钟信息时，造成的多节点的混乱。