本发明公开了一种基于SSRseq分子标记的大蒜种质资源分类方法，具体包括以下过程：S1，利用大蒜种质资源培育大蒜种苗，采集幼嫩叶片置于自封袋中，抽干后封口置于4℃冷藏；S2，使用CTAB法提取大蒜叶片的基因组DNA，检测DNA的质量；S3，合成SSR引物，从合成的引物中筛选出具有多态性的引物；S4，使用筛选的引物对大蒜叶片的DNA进行PCR扩增，获得SSR位点的DNA富集片段；S5，在DNA富集片段上添加特异性标签序列，对其进行测序；S6，根据检测结果对大蒜种质资源进行分类；本发明基于SSRseq分子标记对大蒜种质资源进行分类，分类结果准确、可靠性高，且分类过程简单、易操作。