本发明涉及一种无人艇自主能源补充系统及方法，无人艇自主能源补充系统包括检测模块、控制模块及能源供应模块；检测模块用于检测泊位上是否停靠有无人艇；控制模块与检测模块通信连接，用于当泊位上停靠有无人艇时，检测无人艇上能源补充接口的位置信息；能源供应模块与控制模块电连接，能源供应模块包括能源供应接口；控制模块还用于根据位置信息控制能源供应模块移动至能源供应接口与能源补充接口相互对准的位置，并控制能源供应接口与能源补充接口插接，以使得能源供应模块对无人艇进行能源补充，从而实现了无人艇的自主能源补充，无需人工操作，效率高，成本低。