本发明涉及人工智能辅助病理诊断系统，包括病理信息库，病理专家库以及由处理器执行的一个或多个程序，所述程序包括用于执行以下步骤：接收数字病理文件；为数字病理文件匹配智能诊断算法模型，生成初步诊断意见和初步分析报告；当所述初步诊断意见为阴性时，将所述初步分析报告作为最终分析报告，否则，进入分流程序，匹配一个对应的专病医生，接收来自所述专病医生的最终分析报告。本申请中还提供了人工智能辅助病理诊断方法。本申请借助人工智能手段，实现对数字病理文件的初步筛查，筛查呈阴性的数字病理文件直接生成初步分析报告，筛查可能有问题的数字病理文件转到专病医生那里进行人工确诊，从而减轻病理医生的工作量。