本发明提供了一种生物法制备L‑瓜氨酸和L‑鸟氨酸的方法。所述方法按如下步骤进行：1、菌种的培育及发酵：培养基中总碳源质量浓度为1‑20g/L，总氮源质量浓度为1‑20g/L，pH控制在 7.2；2、制备L‑瓜氨酸；3、制备L‑鸟氨酸。本发明采用一次发酵制得的菌体和发酵液分别制备L‑瓜氨酸和L‑鸟氨酸两种产品，充分利用资源，工艺优化合理，生物法制备L‑瓜氨酸和L‑鸟氨酸具有反应条件温和，工艺流程简单，适合工业化大规模生产。