本发明公开了一种低农残人参茎叶提取物及其制备方法，所述制备方法包括如下步骤：(1)醇提：取人参茎叶，粉碎成粗粉，加入乙醇加热回流提取两次，过滤，合并滤液，减压浓缩，补水浓缩至无醇味，得浓缩液；(2)除杂：将步骤(1)所述浓缩液进行除杂，离心过滤，取上清液；(3)纯化：将步骤(2)所述上清液减压浓缩，浓缩至浸膏，加入甲醇溶液，滤纸过滤，将滤液经凝胶柱层析，收集下柱液，采用薄层色谱法检测，合并有Rg1、Re、Rd斑点的下柱液，减压浓缩干燥，粉碎，得到低农残人参茎叶提取物。本发明制备得到的人参茎叶提取物中人参皂苷含量高，农残低，其中人参皂苷含量(Rg1、Re、Rd)≥65％，各项农残指标符合EC396标准。