本发明涉及一种富硒生态肥料及其制备方法，包括下列主要组分：动物粪便、常量微量元素凹凸棒石粘土、亚硒酸钠、腐植酸、活性硅溶胶、干酵母或湿酵母泥、尿素，其形状为圆豆子粒状颗粒。本发明通过生物工程方法制成的富硒生态全元肥料，其优点为除有高效的固氮、解磷、解钾等活性微生物外，还含有丰富有机质和微量元素，可保证有足够的有机质返回土壤，增加土壤有机砸等微量元素的含量，改良土壤、改善作物品质，减少化肥、农药的污染使用，是替代化肥的理想富硒生态肥料。