本发明公开了一种小球藻凝胶珠的制备方法及基于该方法制备的小球藻凝胶珠的应用，首先配制CaCl2溶液，再按比例称取海藻酸钠、黄原胶和明胶制备成凝胶，将小球藻置于凝胶中制备成小球藻凝胶珠，最后将小球藻凝胶珠置于CaCl2溶液中固定，洗去小球藻凝胶珠表面多余的电解质即得；本发明通过将海藻酸钠、黄原胶和明胶制备成凝胶，使用凝胶作为载体，再将小球藻固定在凝胶上，通过海藻酸钠和小球藻对水体中的重金属进行吸附，该方法具有吸附效果强，置于水中可近长达半年不变形，成本低，原料丰富易得，操作简便，重金属去除率高且易于回收，不会产生二次污染等优点，是一种理想的去除水体中重金属的方法。