本发明涉及生物技术领域，尤其涉及一种鹿瓜多肽的制备方法及鹿瓜多肽在制备特殊医学用途食品中的应用。本发明提供的鹿瓜多肽，以复合蛋白酶对提取液进行酶解，以硫酸钙去除鞣质及生物碱，避免了致敏物质的产生，同时也提高了产品的稳定性，将本发明提供的多肽制成粉，可以通过口服方式给药，提高了给药的便利性。实验表明，本发明提供的鹿瓜多肽能够有效降低模型鼠关节液中的IL‑1β、TNF‑α含量，与对照组呈现显著性差异，p＆lt;0.05。