本发明提供一种细胞工艺疫苗制造系统，包括配液罐、细胞培养罐、病毒培养罐、乳化罐；配液罐嵌有配液芯片，细胞培养罐嵌有细胞培养芯片，乳化罐嵌有乳化芯片，病毒培养罐嵌有病毒培养芯片；细胞培养芯片、病毒培养芯片、配液芯片和乳化芯片通信连接；配液芯片传输配液启动信息给细胞培养芯片，细胞培养芯片返回确认信息时配液罐向细胞培养罐配液；病毒培养芯片传输乳化启动信息给乳化芯片，乳化芯片返回确认信息时病毒培养罐向乳化罐转移液体。各工序都设置有控制芯片，各控制芯片通信连接。相邻工序控制芯片通信连接，上游工序启动操作，下游工序确认操作，实现跨区域联动控制，提高了系统自动化程度，避免上下游工序因沟通不及时造成失误。