本发明涉及动物尸体无害化处理技术领域，提供了一种动物尸体无害化处理用酶菌复合剂，包括解淀粉芽孢杆菌，蜡样芽孢杆菌，地衣芽孢杆菌，亚热带链霉菌，解脂假丝酵母，米根霉，嗜热侧孢霉份，巨大芽孢杆菌，绿色木霉。同时，本发明也提供了一种酶菌复合剂的制备方法，包括先将各菌种制成休眠体微生物干粉；再将各菌种干粉与蛋白酶和脂肪酶按比例混合制成酶菌复合剂。借此，本发明通过从养殖场动物尸体自然发酵好氧堆肥样品中筛选得到解淀粉芽孢杆菌，并将该菌株和其他组分的菌种制备成的休眠体体微生物干粉，根据其用途采用合理配比，混合得到病死动物尸体无害化处理酶菌复合剂。