本发明涉及产肠毒素大肠杆菌I型菌毛基因的应用。本发明公开了fimA序列中第71位的一段特有基序AAACTA作为监测、鉴别产肠毒素大肠杆菌的分子标记的应用。并设计一对特异性鉴定引物，可以在猪场临床环境中快速检测产肠毒素大肠杆菌。通过这对引物对分离的细菌DNA模板进行PCR扩增，如果存在产肠毒素大肠杆菌，则可以扩增预期的阳性条带；如果是其他非产肠毒素大肠杆菌病原菌，非致病大肠杆菌或引起腹泻的其他病原菌如沙门菌、魏氏梭菌等其他菌属，则结果阴性。本发明基于不同菌属I型菌毛FimA基因序列的差异性，发现在产肠毒素大肠杆菌fimA存在的特有的一段序列，设计出为临床快速区分和鉴定产肠毒素大肠杆菌提供新策略和方法。