本发明公开了一种利用根癌农杆菌转化高山被孢霉菌丝的方法，属于生物工程技术领域。本发明采用高山被孢霉(Mortierella alpina)尿嘧啶营养缺陷型CCFM 501的液体菌丝作为共培养材料，通过带有尿嘧啶筛选标记载体的根癌农杆菌介导的遗传操作技术，成功得到多个转化子。本发明改进了根癌农杆菌介导高山被孢霉的转化方法，对根癌农杆菌介导高山被孢霉的基础理论研究及高山被孢霉高效的遗传改造有重大意义。