本发明公开了一种高产乙酸乙酯菌种的筛选及其应用，属于生物工程技术领域，该筛选是以混合酒糟、酒丸与酒饼为原料，经过研磨混合，和乙醇浸泡后，进行富集培养基、平板培养基和斜面培养进行分离初选，然后采用种子培养和发酵培养，相结合的方法进行复筛，并对发酵后的菌种进行总酯含量的测定，最后筛选出产酯量高的酵母菌种，本发明的筛选方法具有纯度高，筛选出的酵母菌种具有产酯高，并具有耐乙醇性能。