本发明属于复合微生态制剂技术领域，具体涉及一种复合微生态制剂及其在生猪养殖中的应用方法，所述的复合微生态制剂是由复合微生物菌粉、低聚异麦芽糖、菜籽饼粉和食用香精组成，其中各成分的质量百分比为：复合微生物菌粉20～30%，低聚异麦芽糖1.0～5.0%，菜籽饼粉65～80%，食用香精0.1～0.2%，所述的复合微生物菌粉包括以下以下五种微生物：嗜酸乳杆菌(Lactobacillus acidophilus，CICC 6074)，德式乳杆菌(Lactobacillus delbrueckii，CICC 6256)，枯草芽胞杆菌(Bacillus subtilis，CICC 20872)，产朊假丝酵母(Candida utilis，CICC 31188)，酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae,CICC 1854和CICC 1480，所述的微生态制剂作为仔猪养殖饲料添加剂使用。本发明的复合微生态制剂的及其使用方法具有预防腹泻和提高仔猪生长性能的作用。